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Le Chemistry Development Kit (CDK) est une bibliothèque open source développée en Java pour la chémoinformatique et la bio-informatique cite-ref-2[2]. Cette bibliothèque est disponible pour les systèmes Windows, Unix, et Mac OS X. CDK est distribué sous licence GNU LGPL.

• Historique

• Bibliothèque

• Fonctionnalités principales

• Chemo-informatique

• Bio-informatique

• Général

• Notes et références

• Annexes

• Articles connexes

• Liens externes

Le projet CDK a démarré en 2000 par Christoph Steinbeck, Egon Willighagen et Dan Gezelter, les développeurs de Jmol et JChemPaint, afin de créer une base de code commun à ces deux projets. Depuis, de nombreuses personnes ont contribué au projet, permettant le développement de nombreuses fonctionnalités détaillées ci-dessous.

La bibliothèque CDK ne comporte pas d'exécutable utilisable par les utilisateurs finaux. Toutefois, CDK a été intégré dans plusieurs logiciels afin de rendre ses fonctionnalités disponibles (par exemple, CDK-Taverna, Bioclipse et Cinfony).

• Édition et génération de molécules en 2D

• Génération de coordonnées 3D

• Recherche structurale (sous-structure ou structure exacte)

• Calcul de descripteurs QSARcite-ref-3[3] (e.g. PubMed 16959190)

• Calcul d'empreintes binaires (fingerprint)

• Calcul de champs de force

• Support de nombreux formats de fichier chimique

• Génération de structures

• Détection des sites actifs des protéines

• Détection de ligands similaires DOI 10.1016/j.jmb.2006.09.041

• Adaptateur Python

• Adaptateur Ruby

• Communauté d'utilisateurs active

• Newsletter: CDK News

cite-note-wikidata-6da22e663029c098d1eee95fb4a7b17323ecb4fd-11. « Release 2.11 », 29 mars 2025 (consulté le 24 avril 2025)

cite-note-22. ↑ Steinbeck, C.; Han, Y. Q.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E.L. The Chemistry Development Kit (CDK): An open-source Java library for chemo- and bioinformatics. Journal of Chemical Information and Computer Sciences 2003, 43, 493-500. DOI 10.1021/ci025584y PubMed 12653513

cite-note-33. ↑ Steinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, E.L. Recent developments of the chemistry development kit (CDK) - an open-source java library for chemo- and bioinformatics.. Current pharmaceutical design 2006, 12, 2111-20. DOI 10.2174/138161206777585274 PubMed 16796559

• Bioclipse - Logiciel basé sur Eclipse/RCP pour la chemo-informatique et la bio-informatique

• Jmol - Logiciel de visualisation 3D de molécules

• JOELib - Version Java des logiciels OpenBabel et OELib

• JChemPaint - Logiciel d'édition 2D de molécules

• site-officiel(en) Site officiel

• Le Wiki CDK - Le wiki

• CDK News - La newsletter du projet CDK

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• Portail des logiciels libres

• Portail de la programmation informatique